Streitig ist die Anwendung der Tonnagebesteuerung nach § 5a des Einkommensteuergesetzes (EStG) und insbesondere das Tatbestandsmerkmal der "Bereederung im Inland".
Die Klägerin wurde im Jahr XX in der Rechtsform einer Kommanditgesellschaft gegründet und befindet sich seit XX in Liquidation. Gegenstand ihres Unternehmens war der Bau und Betrieb eines Seeschiffs. Persönlich haftende Gesellschafterin (Komplementärin) war im Streitjahr die A GmbH mit Sitz in XX, deren Geschäftsführer im Streitjahr XX und XX gewesen sind.
Bei der MS Z handelt es sich um ein Mehrzweckfrachtschiff mit 10.500 tdw und rund 680 TEU, welches auch für die Containerfahrt eingerichtet war. Die Fertigstellung und Infahrtsetzung der MS Z erfolgte im Dezember 01. Das Schiff war zunächst im deutschen Seeschiffsregister eingetragen. Ab April 03 führte das Schiff die britische Flagge. Im Jahr XX wurde die MS Z verkauft.
Im Jahr 01 schloss die A GmbH für die Klägerin mit der im Inland ansässigen B GmbH einen Bereederungsvertrag, wonach die Bereederung der im Eigentum der Klägerin stehenden MS Z durch die B GmbH erfolgen sollte. Ausweislich des Bereederungsvertrags übernahm die B GmbH insbesondere folgende Aufgaben der Bereederung (§ XX des Bereederungsvertrags):
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