Gründe:

I. Die Rechtsvorgängerin der Klägerin und Revisionsklägerin (Klägerin) --beide ausländische Kapitalgesellschaften-- erwarb mit notariell beurkundetem Kaufvertrag vom 29. November 1996 sämtliche Geschäftsanteile an der grundbesitzenden E-GmbH von der bisherigen Alleingesellschafterin. In § 6 des Vertrages hieß es, die E-GmbH habe Grundbesitz. Der beurkundende Notar übersandte noch im selben Jahr mit formlosem Begleitschreiben eine Ablichtung des Vertrages an den Beklagten und Revisionsbeklagten (Finanzamt --FA--) mit dem Zusatz "Körperschaftsteuerstelle". In dem Begleitschreiben hieß es unter dem Betreff "E-GmbH": "In vorbezeichneter Angelegenheit übersende ich Ihnen anliegende beglaubigte Ablichtung des Geschäftsanteilskauf- und Abtretungsvertrages ... zur gefälligen Kenntnisnahme und Bedienung."