Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin), eine GmbH, wurde am 6. Januar 1994 gegründet. Sämtliche Geschäftsanteile hielt zunächst die Stadt X. Gegenstand des Unternehmens ist der Erwerb, die Entwicklung, die Erschließung, die Bebauung, die Veräußerung und die Verwaltung von bebauten und unbebauten Grundstücken.

Mit Vertrag vom 31. Dezember 1994 erwarb die Klägerin von der Bundesrepublik Deutschland (Bundesrepublik) ein mit mehreren Gebäuden bebautes ehemaliges Kasernengelände. In dem Kaufvertrag war vorgesehen, dass für die Verkehrsflächen von sieben Teilflächen, für die der beabsichtigte Nutzungszweck festgelegt wurde --u.a. als Volkshochschule--, bestimmte Abschläge auf den Kaufpreis gewährt werden.