Gründe:

I. Die Antragstellerin und Beschwerdegegnerin (Antragstellerin) ist die Insolvenzverwalterin über das Vermögen des X. Im Rahmen der Insolvenzverwaltung verfolgte sie Anfechtungsansprüche und zog das durch die anfechtbaren Rechtshandlungen Erlangte zurück zur Masse.

Mit Bescheid vom 20. März 2007 setzte der Antragsgegner und Beschwerdeführer (das Finanzamt --FA--) gegenüber der Antragstellerin die Einkommensteuer 2003 des X fest. Einen Betrag in Höhe von ... EUR behandelte das FA als Masseverbindlichkeit mit der Begründung, die Entstehung dieser Steuerbeträge resultiere aus insolvenzbehafteten Einkünften und sei zeitlich nach Eröffnung des Insolvenzverfahrens erfolgt. Auch die Einkommensteuer 2004 forderte das FA mit Bescheid vom 8. Mai 2007 in Höhe von ... EUR als Masseverbindlichkeit.

Gegen diese Einkommensteuerfestsetzungen legte die Antragstellerin Einsprüche ein und beantragte Aussetzung der Vollziehung (AdV), die das FA mit Bescheid vom 31. Mai 2007 für beide Streitjahre ablehnte.