Gründe:

Die Beschwerde hat zum Teil Erfolg.

1. Sie ist hinsichtlich der Einkommensteuer 2001 mit der Maßgabe begründet, dass die Vorentscheidung in entsprechender Anwendung des § 127 der Finanzgerichtsordnung (FGO) aufzuheben und die Sache an das Finanzgericht (FG) zurückzuverweisen ist.

Das Urteil des FG ist in entsprechender Anwendung des § 127 FGO deshalb aufzuheben und die Sache zurückzuverweisen, weil der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt --FA--) im Verlaufe des Nichtzulassungsbeschwerdeverfahrens am 9. Februar 2007 einen Änderungsbescheid erlassen hat, der gemäß § 68 Abs. 1 Satz 1 FGO Verfahrensgegenstand geworden ist. Dies gilt zumindest dann, wenn --wie im Streitfall-- in einem Verfahren über eine zulässige, aber unbegründete Nichtzulassungsbeschwerde ein Änderungsbescheid zu Lasten des Steuerpflichtigen ergeht (z.B. Beschluss des Bundesfinanzhofs --BFH-- vom 29. Oktober 2004 XI B 213/02, BFH/NV 2005, 566). Es kommt nicht darauf an, ob gegen die hierdurch bewirkte Verböserung nur rechtliche Einwendungen möglich sind; denn diese Beurteilung kann im Verfahren über die Nichtzulassungsbeschwerde nicht vorgenommen werden (z.B. BFH-Beschluss vom 18. Dezember 2003 II B 31/00, BFHE 204, 35, BStBl II 2004, 237, m.w.N.).