Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) wurde in den Jahren 1991 und 1992 zur Umsatzsteuer veranlagt. Die Steuerfestsetzungen für diese Jahre ergaben für die Klägerin jeweils ein Umsatzsteuerguthaben zuzüglich Zinsen. Aufgrund einer späteren Außenprüfung bei der Klägerin verständigten sich die Beteiligten auf höhere Umsatzsteuerfestsetzungen für diese Jahre, woraufhin der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt --FA--) mit Änderungsbescheiden vom 27. Juni 2002 die Umsatzsteuer 1991 mit einem Guthaben von 41 006,12 EUR und die Umsatzsteuer 1992 mit einem Guthaben von 9 589,28 EUR zuzüglich Erstattungszinsen festsetzte. Im Rahmen der dazugehörigen Abrechnungen blieben jedoch die bereits erstatteten bzw. verrechneten Beträge der ursprünglichen Umsatzsteuerbescheide für 1991 und 1992 unberücksichtigt, weshalb es anstatt zu Nachzahlungen zu erneuten Erstattungen bzw. Verrechnungen der neuen Guthaben kam. Nachdem das FA den Fehler bemerkt hatte, nahm es mit Abrechnungsbescheiden vom 6. Januar 2005 die Abrechnungsverfügungen vom 27. Juni 2002 zurück und forderte von der Klägerin die überzahlten Beträge.