Gründe:

I. Die Beteiligten streiten darüber, ob die Zahlung von Lizenzgebühren durch die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) steuerrechtlich als verdeckte Gewinnausschüttung (vGA) zu werten ist.

Die Klägerin ist eine deutsche GmbH, deren Stammkapital in den Streitjahren (1997 bis 1999) von der österreichischen X-GmbH gehalten wurde. Sie vertreibt ...artikel und dabei vor allem Produkte, die von der österreichischen X-KG hergestellt werden. An der X-KG waren in den Streitjahren die beiden alleinigen Gesellschafter der X-GmbH als Kommanditisten mit insgesamt 38 % des Gesellschaftskapitals beteiligt.

Mit Vertrag vom 28. Mai 1992 gewährte die X-GmbH der Klägerin das Recht zur Verwendung des in Österreich registrierten Warenzeichens "X"; die Klägerin verpflichtete sich, für das Nutzungsrecht an die X-GmbH eine Lizenzgebühr zu zahlen. Schon im Jahr 1991 hatte die X-GmbH der X-KG ebenfalls ein entsprechendes Recht gewährt; mit Vertrag vom 1. Juli 1992 sicherte die X-KG der Klägerin ein Alleinvertriebsrecht für die Bundesrepublik Deutschland zu. Inzwischen ist die Marke "X" als Gemeinschaftsmarke beim Harmonisierungsamt für den Binnenmarkt (Marken, Muster und Modelle) für die Klägerin eingetragen.