Gründe:

I. Die im Bau- und Immobilienbereich tätige Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) ist eine 1994 gegründete GmbH. Sie stand in den Streitjahren (1996 bis 1998) zu 25,1 % im Anteilseigentum einer kommunalen Wohnungsbaugesellschaft, der G-e.G. Die Klägerin war ihrerseits an zwei Gründstücksverwaltungsgesellschaften bürgerlichen Rechts --der S-GbR und der V-GbR-- beteiligt, deren Zweck auf den Erwerb und die Verwaltung bebauten Immobilienvermögens im Geltungsbereich des Fördergebietsgesetzes (FördG) gerichtet war. Im Dezember 1995 erwarb die Klägerin von der G-e.G. Wohngrundstücke mit insgesamt ca. 2 450 Mietwohnungen, die aus dem Komplexen Wohnungsbau (§ 5 Abs. 1 Buchst. c des Vermögensgesetzes) stammten; die Klägerin sollte die Wohnungen sanieren und privatisieren. Von diesen Wohnungen verkaufte die Klägerin in den Jahren 1996 und 1997 650 Wohnungen, davon 372 an die S-GbR und 77 an die V-GbR. Im November 1998 verkaufte sie weitere (mehr als 440) Wohnungen an die B-KG. Die Verkäufe standen im Zusammenhang mit dem Ziel, die Privatisierungsverpflichtungen nach dem Altschuldenhilfegesetz zu erfüllen.