Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) ist eine Grundstückgesellschaft, die von den Eheleuten A und B als A & B GbR (GbR) gegründet und am 19. Februar 2005 in eine GmbH & Co. KG umgewandelt wurde. Neben der A & B GbR gab es im Streitjahr 2003 unter der Bezeichnung "GbR X" eine weitere Gesellschaft bürgerlichen Rechts zwischen A und B.

Im Rahmen ihrer Umsatzsteuer-Voranmeldungen für 2003 machte die Klägerin auch Vorsteuern geltend, die auf das Bauvorhaben der "GbR X" entfielen. Nachdem der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt --FA--) diese Vorsteuern teilweise entsprechend einer Abtretung und im Übrigen aufgrund einer schriftlichen Anweisung der GbR sowie des A erstattet hatte, erließ es einen Jahresteuerbescheid 2003, mit dem diese Vorsteuern zurückgefordert wurden. Die Klägerin legte sowohl gegen die Umsatzsteuerfestsetzung als auch gegen die mit der Festsetzung verbundene Abrechnungsverfügung erfolglos Einspruch ein. Den die Abrechnungsverfügung betreffenden Einspruch verwarf das FA als unzulässig. Mit ihrer dagegen eingelegten Klage beantragte die Klägerin die Änderung der Abrechnungsverfügung dahingehend, dass Vorsteuern in Höhe von 367 426,73 EUR nicht als getilgte Beträge behandelt werden.