Gründe:

I. Die Beteiligten streiten um die Frage, ob für eine versäumte Einspruchsfrist Wiedereinsetzung in den vorigen Stand zu gewähren war.

Gegenüber der Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin), einer GmbH, wurden nach dem Abschluss einer Außenprüfung geänderte Steuerfestsetzungen erlassen. Die Klägerin legte nach dem Ablauf der Einspruchsfrist Einspruch ein und stellte einen Antrag auf Wiedereinsetzung in den vorigen Stand. Der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt --FA--) wies die Einsprüche als unbegründet zurück. Im Klageverfahren wurde die Frage der Wiedereinsetzung in den vorigen Stand in einem Erörterungstermin angesprochen (Protokoll vom 1. März 2006); unter dem 29. März 2006 wurde von der Klägerin zu diesem Gegenstand unter Vorlage einer eidesstattlichen Versicherung und eines Ausdrucks aus dem Fristenkontrollprogramm weiter vorgetragen, die Darstellung wurde anschließend mit Schriftsatz vom 31. Mai 2006 noch vertieft. Das FA hat im Klageverfahren darauf hingewiesen, dass das Finanzgericht (FG) ohne Bindung an die vom FA getroffene Entscheidung zur Wiedereinsetzung entscheiden könne. Auch im Rahmen der mündlichen Verhandlung beim FG ist die Frage der Wiedereinsetzung erörtert worden (Sitzungsprotokoll vom 20. Oktober 2006).