Gründe:

I. Streitig ist die Rechtmäßigkeit eines Bescheides, mit dem die Aufhebung von Festsetzungen (Gewerbesteuermessbeträge) rückgängig gemacht wurde.

Für die Rechtsvorgängerin der Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin), die X-GmbH, wurden auf der Grundlage entsprechender Steuererklärungen Gewerbesteuermessbeträge für die Erhebungszeiträume 1996 bis 1998 (Streitjahre) festgesetzt. Der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt --FA--) erhielt später von einem Finanzamt für Groß- und Konzernbetriebsprüfung (FA-GKBp) eine Mitteilung des Inhalts, dass eine gewerbesteuerliche Organschaft (mit der X-GmbH als Organ) "grundsätzlich ab 1996 anzuerkennen" sei. Das FA hob hiernach die Festsetzungen der Gewerbesteuermessbeträge der Streitjahre (und der Jahre 1999 und 2000) auf der Grundlage des § 174 der Abgabenordnung (AO) in einem Sammelbescheid auf. Kurze Zeit später wurde das FA vom FA-GKBp darüber informiert, die Mitteilung sei so zu verstehen, dass die Organschaft im konkreten Fall der X-GmbH erst ab 1999 bestehe. Das FA "berichtigte" daraufhin den Aufhebungsbescheid unter Hinweis auf § 129 AO in der Weise, dass sich die Aufhebung nur auf die Jahre 1999 und 2000 erstrecken solle, die Festsetzungen der Streitjahre "somit weiterhin gültig" seien.