Gründe:

I. Die Beteiligten streiten über die Rechtmäßigkeit von Steuerbescheiden, die auf einer Schätzung der Besteuerungsgrundlagen beruhen.

Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin), eine GmbH, betrieb in den Streitjahren (2001 bis 2003) einen Imbiss und Kiosk sowie in Teilen des Streitzeitraums weitere Betriebe dieser Art. Außerdem betrieb sie seit dem 1. August 2001 die Herstellung bestimmter Lebensmittel. Geschäftsführer der Klägerin war S, der zunächst 75 % und seit dem 12. April 2002 100 % des Stammkapitals hielt.

Im Jahr 2003 fand bei der Klägerin eine Außenprüfung für den Prüfungszeitraum 2001 statt. Der Prüfer stellte fest, dass keine ordnungsmäßige Buchführung vorlag, und schätzte deshalb die Besteuerungsgrundlagen abweichend von den Angaben der Klägerin. Der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt --FA--) folgte dem und erließ Steuerbescheide, denen die Ergebnisse der Außenprüfung sowie einer vorangegangenen Umsatzsteuer-Sonderprüfung zu Grunde lagen.