Gründe:

I. Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) ist allein die --am 20. Oktober 1993 gegründete-- X-GmbH i.L., deren Gegenstand die Forschung und Entwicklung einer neuen Bildgestaltungsmöglichkeit und die kommerzielle Verwertung der Ergebnisse dieser Forschungs- und Entwicklungsarbeit für eigenen und fremden Bedarf war.

Am 8. November 1994 errichtete die Klägerin mit mehreren Gesellschaftern eine atypisch stille Gesellschaft.

Die Klägerin beantragte für die Herstellung eines sog. M-Systems bzw. L-Systems Investitionszulage für die Kalenderjahre 1993 bis 1998. Die Anträge für die Jahre 1993 bis 1997 reichte sie bei dem für ihre Besteuerung ursprünglich zuständigen Finanzamt A ein. Erst den Antrag für das Jahr 1998 stellte sie im Namen der atypisch stillen Gesellschaft bei dem --für Körperschaften mit einer atypisch stillen Beteiligung seit 1. Januar 1996 zuständigen-- Beklagten und Revisionsbeklagten (FA B).