Gründe:

I. Der Kläger und Beschwerdeführer (Kläger) ist Insolvenzverwalter in dem über das Vermögen einer GmbH (Schuldnerin) eröffneten Insolvenzverfahren. Für die Zeit vom 1. Juni bis 31. Dezember 2001 gab der Kläger für die Schuldnerin eine Umsatzsteuererklärung ab, die eine Steuerschuld ergab, welche sich jedoch aufgrund einer später abgegebenen berichtigten Umsatzsteuererklärung, der der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt --FA--) zustimmte, ermäßigte. Das sich aus der Ermäßigung ergebende Umsatzsteuerguthaben der Schuldnerin in Höhe von ... EUR resultierte in Höhe von ... EUR aus der Berichtigung von nach Insolvenzeröffnung uneinbringlich gewordenen Forderungen der Schuldnerin. Das FA buchte das gesamte Guthaben auf vor Insolvenzeröffnung fällig gewordene Umsatzsteuerforderungen der Schuldnerin um und erließ auf Antrag des Klägers einen entsprechenden Abrechnungsbescheid zur Umsatzsteuer 2001, den es später dahin änderte, dass die Aufrechnung nur in Höhe von ... EUR erklärt wurde.