Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) errichtete in den Jahren 1996 und 1997 ein Bauobjekt. Sie teilte in ihren Umsatzsteuererklärungen für die Streitjahre 1996 bis 1998 die Vorsteuerbeträge, die den jeweiligen Umsätzen nicht direkt zugeordnet werden konnten, nach dem Verhältnis der Grundflächen der in dem Objekt befindlichen Wohn- und Gewerbeeinheiten auf. Für das Streitjahr 1999 machte sie keine Vorsteuerbeträge geltend. Das zunächst zuständige Finanzamt und anschließend der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt --FA--) stimmten den von der Klägerin abgegebenen Umsatzsteuererklärungen teils zu, teils setzte das FA die Umsatzsteuer unter dem Vorbehalt der Nachprüfung erklärungsgemäß fest.