Gründe:

1. Die Beschwerde ist begründet, soweit sie sich gegen die Nichtzulassung der Revision betreffend Gewinnfeststellung 1994 bis 1997 richtet. Die Zulassung der Revision ist insoweit gemäß § 115 Abs. 2 Nr. 2 der Finanzgerichtsordnung (FGO) zur Sicherung einer einheitlichen Rechtsprechung erforderlich. Denn das Finanzgericht (FG) ist von den mit der Beschwerde angegebenen Urteilen des Bundesfinanzhofs (BFH) vom 24. Januar 1985 IV R 249/82 (BFHE 143, 75, BStBl II 1985, 676) und vom 24. April 1991 X R 84/88 (BFHE 164, 385, BStBl II 1991, 713) abgewichen. Nach diesen Entscheidungen, die insoweit auch nicht überholt sind (vgl. Senatsurteil vom 15. April 2004 IV R 54/02, BFHE 206, 90, BStBl II 2004, 868), bildet die Feststellung der Einkunftsart einen eigenständig anfechtbaren Teil des Bescheids über die gesonderte und einheitliche Feststellung der Einkünfte gemäß § 180 Abs. 1 Nr. 2 Buchst. a der Abgabenordnung (AO 1977). Die Feststellung einer unzutreffenden Einkunftsart stellt eine Rechtsverletzung i.S. des § 40 Abs. 2 FGO dar. Das FG hat die Klage demnach zu Unrecht wegen fehlender Geltendmachung einer Beschwer als unzulässig abgewiesen.