Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin), eine GmbH, ist auf dem Immobiliensektor tätig. Vor den Streitjahren 2000 und 2001 tätigte sie ausschließlich gemäß § 4 Nr. 9 Buchst. a des Umsatzsteuergesetzes (UStG) steuerfreie Grundstücksumsätze.

Im Jahre 1995 hatte eine Immobilien-Projektentwicklungs GmbH (im Folgenden: I), an der der alleinvertretungsberechtigte Gesellschafter-Geschäftsführer der Klägerin, G, beteiligt war, von der Bundesrepublik Deutschland (Bundesrepublik) ein ehemaliges Kasernengrundstück in N gekauft. Bei dem Grundstück handelte es sich um ein vormaliges Gelände des Heeres des Deutschen Reiches, das nach dem 2. Weltkrieg von russischen Militärstreitkräften genutzt worden war. Der Grundbesitz war teilweise bebaut.

Die Gebäude standen zum Teil unter Denkmalschutz und waren teilweise abbruchreif. Die I verpflichtete sich in § 8 des o.g. Kaufvertrags, das Grundstück zur Ferienhausbebauung zu erschließen und im Zeitraum 1. Juli 1996 bis 30. Juni 2000 mindestens 3,5 Mio. DM zu investieren. Im Dezember 1997 schlossen die I und die Gemeinde N einen "städtebaulichen Vertrag", in dem sich die I verpflichtete, die Aufwendungen zur Erschließung des Grundstücks zu übernehmen.