Gründe:

I. Während der Streitjahre 1988 und 1989 hatte die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin), eine GmbH, ihren Sitz in Berlin (West). Gegenstand ihres Unternehmens war der Im- und Export sowie der Vertrieb von elektronischen Bauelementen und -gruppen, insbesondere die Erstellung und Ausführung von Test- und Messspezifikationen jeglicher Art an den bezeichneten Gegenständen.

Nachdem der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt --FA-- I) den Vorbehalt der Nachprüfung, unter dem die Umsatzsteuer-Festsetzungen für 1988 und 1989 standen, durch Bescheid vom 15. April 1991 aufgehoben und die Klägerin diese Festsetzungen nicht angefochten hatte, gab sie am 27. Dezember 1994 bei dem FA II berichtigte Umsatzsteuer-Erklärungen für 1988 und 1989 ab. Sie machte darin erstmals Kürzungsansprüche nach § 1 Abs. 1 bis 4 des Gesetzes zur Förderung der Berliner Wirtschaft (BerlinFG) vom 10. Dezember 1986 (BGBl I 1986, 2415, BStBl I 1987, 4) in der für die Streitjahre geltenden Fassung in Höhe von ... DM (für 1988) und von ... DM für 1989 geltend.