Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin), eine Gesellschaft bürgerlichen Rechts, erwarb 1998 eine "Bürogewerbeeinheit", die sie anschließend unter Verzicht auf die Umsatzsteuerfreiheit der Vermietungsumsätze vermietete. Diese Vermietung stellte den gesamten Gegenstand des Unternehmens der Klägerin dar.

Mit notariell beurkundetem Vertrag vom 9. Oktober 2002 veräußerte die Klägerin das Objekt unter gesondertem Umsatzsteuerausweis in Höhe von ... EUR an die Eheleute H. Diese setzten die Vermietung fort.

Mit der Veräußerung stellte die Klägerin ihr Unternehmen ein und wurde aufgelöst.

Die Erwerber H machten die ausgewiesene Umsatzsteuer in Höhe von ... EUR erfolgreich als Vorsteuerbetrag bei dem Beklagten und Beschwerdegegner (Finanzamt --FA--) geltend. Das FA machte den Vorsteuerabzug im Jahr 2005 rückgängig. Die Erwerber H zahlten die Vorsteuer bis Ende 2005 nicht zurück.

In der Umsatzsteuererklärung für 2002 behandelte die Klägerin die Veräußerung --abweichend von dem notariell beurkundeten Vertrag vom 9. Oktober 2002-- als nicht steuerbaren Umsatz im Rahmen einer Geschäftsveräußerung i.S. des § 1 Abs. 1a des Umsatzsteuergesetzes 1999 (UStG).

Am 31. Mai 2005 erteilte die Klägerin den Erwerbern H eine berichtigte Rechnung über den Gesamtkaufpreis, in der Umsatzsteuer nicht mehr offen ausgewiesen ist.