Gründe:

I. Die Beteiligten streiten darum, ob bei Gründung der Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) --einer GmbH & Co. KG-- das bis dahin bestehende Einzelunternehmen des Gründungskommanditisten und einzigen Gesellschafter-Geschäftsführers der Komplementär-GmbH (H.) gegen Gewährung von Gesellschaftsrechten unter Fortführung der Buchwerte in die KG eingebracht wurde. H. ist der Vater des jetzigen alleinigen Kommanditisten und Gesellschafter-Geschäftsführers der GmbH. Die Klägerin vertritt die Auffassung, eine Einbringung gegen Gewährung von Gesellschaftsrechten habe nicht vorgelegen. Vielmehr habe es sich um eine verdeckte Einlage gehandelt mit der Folge, dass der Firmenwert des eingebrachten Einzelunternehmens aufzudecken gewesen sei. Mithin seien in den Streitjahren (2001 und 2002) Abschreibungen auf diesen Firmenwert vorzunehmen.

Unter dem Datum vom 15. Dezember 1987 unterzeichnete H. ein Schriftstück, das mit "Beschluss über die Einbringung der bisherigen Personengesellschaft gegen Gewährung von Gesellschaftsrechten" überschrieben war. Darin ist ausgeführt, dass H. beabsichtige, sein bisheriges Einzelunternehmen als GmbH & Co. KG zu führen. Die KG solle mit der Eintragung ins Handelsregister, jedoch nicht vor dem 1. Januar 1988 beginnen. Ferner heißt es: