Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) ist eine GmbH & Co. KG. Geschäftsführer der GmbH ist R. Am 23. Mai 2005 erließ das Finanzamt (FA) H Bescheide über die gesonderte und einheitliche Feststellung von Besteuerungsgrundlagen. Dagegen legte die Klägerin mit Schreiben vom 29. Juni 2005 Einspruch ein und machte geltend, die Bescheide seien bei ihr am 27. Mai 2005 eingegangen. Die am 30. Juni 2005 beim FA H eingegangenen Einsprüche wurden als unzulässig verworfen.

Mit der dagegen gerichteten Klage machte die Klägerin geltend, es sei nachgewiesen, dass der Einspruch vom 30. Juni 2005 ausnahmsweise nicht am 3. Tage nach Aufgabe zur Post, sondern zu einem späteren Zeitpunkt zugegangen sei. Unabhängig davon sei dem FA H und dem FA T in einem Mietrechtsstreit der Streit verkündet worden. Es gehe um Forderungen von 20 Mio. EUR gegenüber einer Sparkasse.

Infolge einer Neuabgrenzung der Finanzamtsbezirke trat ein gesetzlicher Beteiligtenwechsel ein. Beklagter und Beschwerdegegner ist danach das FA B (FA).