Gründe:

I. Der Kläger und Antragsteller (Kläger) betrieb bis Ende 2003 ein Konstruktionsbüro, das inzwischen wegen schlechter Auftragslage eingestellt wurde. Nach einer beim Kläger durchgeführten Fahndungsprüfung erließ der Beklagte (das Finanzamt --FA--) geänderte Umsatzsteuerbescheide 2001 bis 2003, geänderte Einkommensteuerbescheide 2001 bis 2002 und erstmalige Einkommensteuer- und Umsatzsteuerbescheide für 2004 und 2005. Für die Einkommensteuer 2003 erging kein Änderungsbescheid, da sich auch nach den Prüfungsfeststellungen eine Steuer von 0 EUR ergab. Die Änderungsbescheide wurden mit einfachem Brief bekanntgegeben.

Mit dem am 13. Dezember 2006 beim FA eingegangenen Schreiben erhob der Kläger Einspruch gegen die Änderungsbescheide. Das FA wies die Einsprüche wegen Versäumung der Rechtsbehelfsfrist als unzulässig zurück.

Auf die dagegen erhobene Klage wegen Umsatz- und Einkommensteuer stellte das Finanzgericht (FG) fest, die Klage sei zurückgenommen worden. Es führte aus: In dem Erörterungstermin vor dem Einzelrichter am 16. April 2007 habe der Kläger ausweislich des Verhandlungsprotokolls nach einem Hinweis des Richters, die Klage könne wegen der verspätet eingelegten Einsprüche keinen Erfolg haben, die Rücknahme der Klage erklärt.