Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin), eine GbR, vermietete im Rahmen einer Betriebsaufspaltung ihr Anlagevermögen an die B-GmbH (GmbH), an der sie auch als stille Gesellschafterin beteiligt war. Die aus dieser Beteiligung erzielten Erträge wurden in den gegenüber der GmbH ergangenen bestandskräftigen Körperschaftsteuer- und Gewerbesteuermessbescheiden teilweise als verdeckte Gewinnausschüttungen (vGA) qualifiziert. Dem Antrag, die Gewinnfeststellungen der Klägerin aufgrund der vorgelegten Bescheinigungen über die anrechenbare Körperschaftsteuer (§ 44 des Körperschaftsteuergesetzes in der für die Streitjahre geltenden Fassung) zu ändern, entsprach der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt --FA--). Den weitergehenden Antrag, die Gewerbesteuermessbeträge der Streitjahre (1979 bis 1984 und 1986 bis 1989) nach § 35b des Gewerbesteuergesetzes (GewStG) um den Gesamtbetrag der vGA nach § 9 Nr. 2a GewStG zu kürzen, lehnte das FA ab. Einspruch und Klage blieben ohne Erfolg. Die dagegen eingelegte Nichtzulassungsbeschwerde verwarf der Bundesfinanzhof (BFH) mit Beschluss vom 27. August 2003 VIII B 150/02 (BFH/NV 2004, 226) als unzulässig.