Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) ist eine GmbH, die durch Umwandlung gemäß §§ 56a f. des Umwandlungsgesetzes vom 6. November 1969 des Einzelunternehmens des Schlossermeisters E entstanden ist. Alleiniger Gesellschafter der Klägerin ist E. Die Umwandlung wurde am 15. Juni 1994 beurkundet. Die ihr zugrunde liegende Bilanz war zum Umwandlungsstichtag 1. Januar 1994 aufgestellt worden. E bestellte sich am 15. Juni 1994 mit Wirkung ab Januar 1994 zum Geschäftsführer der Klägerin, der von den Beschränkungen gemäß § 181 des Bürgerlichen Gesetzbuchs (BGB) befreit ist, und schloss am 15. Juni 1994 mit der Klägerin einen Geschäftsführerdienstvertrag, der u.a. die Zahlung eines Monatsgehalts, einer Weihnachtsgratifikation und einer Gewinntantieme und die private Nutzung eines Firmenkraftwagens vorsieht. Die E nach dem Dienstvertrag schon für die Zeit vor Gründung der Klägerin zustehenden Geschäftsführervergütungen berücksichtigte die Klägerin als gewinnmindernde Betriebsausgaben.