Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) ist Rechtsnachfolgerin der infolge Verschmelzung untergegangenen L-AG mit Sitz im Ausland. Letztere wurde mit ihren im Inland ausgeführten Umsätzen vom Beklagten und Beschwerdegegner (Finanzamt --FA--) zur Umsatzsteuer veranlagt.

Am 5. Mai 1997 reichte sie für das Streitjahr 1996 eine Umsatzsteuererklärung ein, aus der sich eine Umsatzsteuer in Höhe von ... DM ergab. Aufgrund einer Fehlbeurteilung hatte sie über steuerbare und steuerpflichtige Lieferungen in Höhe von insgesamt ... DM Rechnungen ohne Umsatzsteuerausweis erteilt und entsprechend auch nur diesen Betrag vereinnahmt.

Nachdem der Fehler bemerkt worden war, stellte die L-AG der Leistungsempfängerin mit Schreiben vom 18. Februar 1999 den Betrag nachträglich in Rechnung, der zusätzlich zu entrichten gewesen wäre, wenn die Lieferungen bereits im Streitjahr 1996 als umsatzsteuerpflichtig angesehen worden wären ("Nettopreisabrede"). Am 26. März 1999 reichte sie eine berichtigte Umsatzsteuererklärung für das Streitjahr ein. Mit nach § 164 Abs. 2 der Abgabenordnung (AO 1977) erlassenem Änderungsbescheid vom 7. Juli 1999 setzte das FA eine um ... DM höhere Umsatzsteuer für das Streitjahr zuzüglich Zinsen in Höhe von ... DM fest.