Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin), eine GmbH, betrieb in den Streitjahren (1998 bis 2001) eine Diskothek. Ihr alleiniger Geschäftsführer war R, der zugleich die Mehrheit des Stammkapitals der Klägerin hielt. Nach den in den Streitjahren geltenden Anstellungsverträgen sollte R für seine Tätigkeit ein näher bestimmtes monatliches Grundgehalt "zzgl. der gesetzlichen Nacht-, Sonn- und Feiertagszuschläge" (1998 und 1999) bzw. "zuzüglich der vereinbarten steuerfreien Zuschläge für Nacht-, Sonn- und Feiertagsarbeit u.a." (2000 und 2001) erhalten. R war vertraglich verpflichtet, Aufzeichnungen über seine Arbeitszeiten zu führen und diese zum Jahresende spätestens aber bei seinem Ausscheiden aus dem Dienstverhältnis vorzulegen.

R erhielt in den Streitjahren Festgehälter in Höhe von (brutto) 198 600 DM (1998 und 1999), 269 172 DM (2000) und 290 760 DM (2001). Weitere Angestellte der Klägerin bezogen erheblich geringere Festgehälter, erhielten aber ebenfalls Vergütungen für Nacht-, Sonn- und Feiertagsarbeit.