Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin), eine OHG, betrieb in den Streitjahren (1995 bis 1997) einen Putenmastbetrieb und eine Putenbrüterei.

Die für die Putenbrüterei benötigten Eier wurden im Betrieb der Klägerin und in den Betrieben der mit ihr verbundenen Unternehmensgruppe A durch Elterntierhaltung erzeugt. Die in den angegliederten Betrieben erzeugten Bruteier wurden angekauft und für Fremdmäster Mastküken erbrütet. Soweit Stallplätze vorhanden waren, wurden die Küken bis zur Schlachtreife aufgezogen (Ausnahme). Nach Mastende wurden die innerhalb der Unternehmensgruppe A erzeugten Schlachtputen zurückgekauft und zusammen mit den eigenen Tieren an Schlachtereien verkauft.

Im Rahmen einer Betriebsprüfung erfasste der Prüfer die Ergebnisse aus der Putenzucht und Putenmast als Einkünfte aus gewerblicher Tierhaltung gemäß § 15 Abs. 4 des Einkommensteuergesetzes (EStG) und die Ergebnisse aus der Brüterei als gewerbliche Einkünfte gemäß § 15 Abs. 1 EStG. Durch die Aufteilung ergaben sich bei den Einkünften aus gewerblicher Tierhaltung in den Streitjahren ausschließlich Verluste. Der Prüfer vertrat die Auffassung, dass die Verluste nach § 15 Abs. 4 EStG nicht mit den übrigen positiven Einkünften der Klägerin verrechnet werden könnten.