Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin), eine im Streitjahr 2000 gegründete GmbH, verfügt über drei Betriebsstätten in den alten Bundesländern und eine im Fördergebiet. Die Geschäftsleitung befand sich in einer Betriebsstätte in den alten Bundesländern, dort wurde auch die Buchführung erledigt. In der Betriebsstätte im Fördergebiet arbeiteten unter anderem ein Betriebsleiter und eine Disponentin.

Im Streitjahr erwarb die Klägerin eine mobile Anlage, um Asphalt und Beton zu brechen (Brecher). Sie nutzte diese insbesondere, um auf Autobahnbaustellen große Betonteile zu wiederverwendbarem Mineralgemisch zu zerkleinern. Die Aufträge wurden vom Vater der beiden Gesellschafter-Geschäftsführer, der das Unternehmen zuvor als Einzelunternehmer geführt hatte, akquiriert und koordiniert.

Der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt) lehnte die Bewilligung einer Investitionszulage für den Brecher ab, weil dieser nicht der Betriebsstätte in den neuen Bundesländern zuzuordnen sei.