Gründe:

I. Die Klägerinnen und Revisionsbeklagten (Klägerinnen), zwei Gemeinden, unterhielten im Streitjahr 2001 jeweils einen Betrieb "Wasserversorgung", eine der beiden Klägerinnen daneben einen Betrieb "Hallenbad", die als Betriebe gewerblicher Art gemäß § 1 Abs. 1 Nr. 6, § 4 Abs. 1 des Körperschaftsteuergesetzes (KStG 1999) der Körperschaftsteuer unterliegen. Sie ermitteln die Einkünfte der Betriebe durch Betriebsvermögensvergleich (§ 4 Abs. 1 des Einkommensteuergesetzes -- EStG 1997--).

Der Beklagte und Revisionskläger (das Finanzamt --FA--) erließ Bescheide über die gesonderte Feststellung des steuerlichen Einlagekontos gemäß § 27 Abs. 2 Satz 2 i.V.m. Abs. 7 KStG 1999 i.d.F. des Gesetzes zur Fortentwicklung des Unternehmenssteuerrechts (Unternehmenssteuerfortentwicklungsgesetz --UntStFG--) vom 20. Dezember 2001 (BGBl I 2001, 3858, BStBl I 2002, 35 -- KStG 1999 n.F.--) zum 31. Dezember 2001, in denen er die vor dem Systemwechsel von den Klägerinnen geleisteten Einlagen zum Ausgleich von Verlusten nicht berücksichtigte.