Gründe:

I. Bei der X-Versicherungs AG, der Rechtsvorgängerin der Klägerin und Revisionsbeklagten (Klägerin), fand beginnend am 17. Januar 1995 eine Lohnsteuer-Außenprüfung für die Lohnzahlungszeiträume 1991 bis 1994 statt. Diese betraf zum einen die Hauptverwaltung, zum anderen --hier streitig-- die Bereichsverwaltung. Für die Hauptverwaltung wurde die Prüfung hinsichtlich zahlreicher Prüfungspunkte einvernehmlich und ohne Schlussbesprechung abgeschlossen. Mit der vom 11. bzw. 17. Februar 1997 datierenden Erklärung stellte die Rechtsvorgängerin der Klägerin hinsichtlich einzelner Sachverhaltskomplexe auf dem dafür vorgesehenen Vordruck "Erklärung des Arbeitgebers" einen Pauschalierungsantrag nach § 40 des Einkommensteuergesetzes (EStG). Dieser war von zwei Mitarbeitern der Rechtsvorgängerin der Klägerin jeweils mit dem Zusatz i.V. unterzeichnet. Entsprechend dem Pauschalierungsantrag erging ein Nachforderungsbescheid. Der Prüfungsbericht enthielt den Hinweis, die Prüfung der Rabatte sei noch nicht abgeschlossen. Dies betraf die Rabatte, die die Arbeitnehmer der Klägerin von dieser und von anderen Konzerngesellschaften beim Abschluss von Versicherungsverträgen erhalten hatten. Die Fortsetzung der Prüfung verzögerte sich. Nach einem Wechsel des Prüfers wurde die Prüfung an Amtsstelle fortgesetzt.