Gründe:

I. Die Klägerin und Revisionsbeklagte (Klägerin), eine GmbH, und ihre alleinige Gesellschafterin, bis zum Ablauf des Streitjahres 1992 ebenfalls eine GmbH, seitdem eine AG (A-GmbH/A-AG), waren seit 1982 im Rahmen eines körperschaftsteuerlichen Organschaftsverhältnisses verbunden. Der Ergebnisabführungsvertrag wurde am 2. November 1988 im Handelsregister eingetragen.

Die Klägerin war alleinige Gesellschafterin einer weiteren GmbH (B-GmbH). Diese hatte bereits Ende 1988 ihr Sachanlagevermögen auf die Klägerin übertragen und dabei stille Reserven aufgedeckt. Danach war sie nicht mehr aktiv tätig. Zum 31. März 1992 wurde sie auf Basis einer Zwischenbilanz auf die Klägerin verschmolzen. Bei der Verschmelzung, welche am 21. Oktober 1992 in das Handelsregister eingetragen wurde, entstand ein gemäß § 15 Abs. 2 Satz 1 des Umwandlungssteuergesetzes (UmwStG 1977) steuerfreier Verschmelzungsgewinn in Höhe von ... DM, weil die Bilanzansätze der übernommenen Wirtschaftsgüter den Ansatz der Beteiligung in dieser Höhe überstiegen.