Gründe:

I. Die Klägerin und Revisionsbeklagte (Klägerin), eine AG, ist Beteiligungsgesellschaft einer anderen AG, der X-AG. Diese hielt vom 1. Oktober 1994 an 71,42 % der Anteile an der Klägerin über eine von ihr beherrschte 100 %igen Tochter-GmbH, die T-GmbH, und eine von dieser beherrschten 100 %igen Enkel-GmbH, die E-GmbH. Sämtliche Gesellschaften haben ein abweichendes Wirtschaftsjahr, das zum 30. September endet. Die Klägerin betreibt ein chemisches Unternehmen, die X-AG ein Unternehmen der Metallwirtschaft und -verarbeitung, des Anlagenbaus, der Chemie, des Transports und Verkehrs sowie der Bankgeschäfte.