Gründe:

I. Der Kläger und Beschwerdeführer (Kläger) war in den Streitjahren 1999 und 2000 noch verheiratet und lebte von seiner damaligen Ehefrau nicht dauernd getrennt. Die Ehe wurde am 22. September 2002 geschieden.

Im Jahr 2004 teilte das für die Veranlagung der geschiedenen Ehefrau zuständige Finanzamt dem Beklagten und Beschwerdegegner (Finanzamt --FA--) mit, die Ehefrau habe für die Jahre 1999 und 2000 jeweils die getrennte Veranlagung beantragt; der Gesamtbetrag ihrer Einkünfte im Streitjahr 1999 betrage 32 981 DM (= 16 863 EUR) und im Streitjahr 2000 34 541 DM (= 17 661 EUR). Das FA führte daraufhin getrennte Veranlagungen durch, die jeweils eine Nachzahlung für den Kläger ergaben.