Tatbestand

Die Beteiligten streiten über die steuerrechtliche Zuordnung von betrieblichen Aufwendungen.

Die Klägerin ist eine GmbH & Co. KG und wurde 1991 mit einer anderen Firma gegründet. Komplementärin mit alleiniger Geschäftsführung- und Vertretungsbefugnis ist die A Beteiligungsgesellschaft mbH, alleiniger Kommanditist Dr. B. Der Gegenstand des Unternehmens ist die Beteiligung an anderen Unternehmen, insbesondere im Bereich von Schifffahrts- und Grundstücksgesellschaften. Im Streitjahr 2001 war die Klägerin als Kommanditistin an ... Immobiliengesellschaften und an ... Schiffsgesellschaften beteiligt. Im Streitjahr 2002 war sie ebenfalls an ... Immobiliengesellschaften und an ... Schiffsgesellschaften als Kommanditistin beteiligt.

Die Klägerin reichte im Jahr 2003 die Erklärung zur gesonderten und einheitlichen Feststellung von Besteuerungsgrundlagen sowie die Gewerbesteuererklärung für das Jahr 2001 beim Beklagten ein. Im Jahr 2004 reichte sie die Feststellungserklärung und die Gewerbesteuererklärung für das Jahr 2002 beim Beklagten ein. Die Veranlagungen erfolgten zunächst erklärungsgemäß unter dem Vorbehalt der Nachprüfung und wurden mehrfach aus hier nicht streiterheblichen Gründen geändert.