Gründe:
I. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) ist Rechtsnachfolgerin einer AG, der auf ihren Antrag vom 2. August 2001 am 6. Dezember 2001 gemäß § 12 Satz 1 des Mineralölsteuergesetzes (MinöStG 1993) i.V.m. § 3 Abs. 3 MinöStG 1993 die Erlaubnis zur steuerfreien Verwendung von Mineralöl in einer von ihr betriebenen Anlage der Kraft-Wärme-Kopplung (KWK-Anlage) erteilt worden ist. Da die AG die Gasturbine bereits Jahre vor diesem Zeitpunkt in Betrieb genommen, nach einer im August 1996 eingetretenen Rechtsänderung eine Antragstellung jedoch versäumt hatte, stellte die AG mit Schreiben vom 3. April 2003 beim Beklagten und Beschwerdegegner (Hauptzollamt --HZA--) den Antrag, ihr eine solche Erlaubnis rückwirkend ab dem 1. April 1999 bis zum 5. Dezember 2001 zu erteilen. Die rückwirkende Erteilung einer Einzelerlaubnis lehnte das HZA jedoch ab. Einspruch und Klage blieben erfolglos.