Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin), eine Gesellschaft mit beschränkter Haftung (GmbH), ist eine nicht bundeseigene Eisenbahngesellschaft. Unternehmensgegenstand der Klägerin ist u.a. die Durchführung von Eisenbahnverkehrsleistungen im Personen- und Güterverkehr. Sie pachtete im Juni 1999 von der DB die stillgelegte A-Bahn inklusive aller der DB gehörenden Anlagen und übernahm den Betrieb der Eisenbahninfrastruktur für den öffentlichen Verkehr. Die Verpachtung erfolgte befristet; Ziel der Vertragsparteien war die Veräußerung oder langfristige Verpachtung der A-Bahn an die Klägerin. Die Klägerin verpflichtete sich gegenüber der DB, während der Pachtdauer alle erforderlichen Ausbesserungen und Erneuerungen zu tragen, die Gebäude und Grundstücksflächen in ordnungsgemäßem Zustand zu erhalten und die Eisenbahninfrastruktur instandzuhalten.