Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) erwarb im Jahr 1995 ein Grundstück in D mit einem Wohn- und Geschäftshaus, das sie in den Jahren 1998 und 1999 sanierte. Im Jahr 2003 räumte die Klägerin ihrem geschiedenen Ehemann daran ein Nießbrauchsrecht ein und übertrug das Grundstück schenkweise ihrem Sohn.

Am 30. Dezember 2003 gab Frau M beim Finanzamt (FA) D einen Antrag auf Investitionszulage für die Modernisierungsmaßnahmen an dem Wohnhaus nach § 3 des Investitionszulagengesetzes (InvZulG) 1999 für das Kalenderjahr 1999 ab. Der Antrag war von dem geschiedenen Ehemann der Klägerin mit Datum vom 29. Dezember 2006 unterschrieben und führte als Anspruchsberechtigte den geschiedenen Ehemann als Nießbraucher und den Sohn als Eigentümer auf.