Gründe:

I. Die Beteiligten streiten über die steuerliche Behandlung von Vergütungen, die die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) ihren Gesellschafter-Geschäftsführern gezahlt hat.

Die Klägerin ist eine GmbH, die im Bereich der Metall- und Kunststoffbearbeitung tätig ist. An ihrem Stammkapital waren in den Streitjahren (2001 bis 2005) drei Gesellschafter zu je einem Drittel beteiligt. Die Gesellschafter waren zugleich Geschäftsführer der Klägerin.

Nach den insoweit gleich lautenden Anstellungsverträgen der Gesellschafter-Geschäftsführer sollten diese für eine Grundarbeitszeit von 160 Stunden monatlich ein Grundgehalt von 4.000 DM erhalten. Die ersten 50 Überstunden im Monat sollten mit einer später anfallenden betriebsbedingten geringeren Arbeitszeit verrechnet werden; darüber hinausgehende Überstunden waren mit jeweils 28 DM zu vergüten. Für Sonntagsarbeit sollten 45 DM je Stunde gezahlt werden. Außerdem hatten die Geschäftsführer Anspruch auf eine Tantieme in Höhe von 15 % des --in den Verträgen näher definierten-- Gewinns der Klägerin.