Die Bayerische Staatsregierung hat am 11. November 2008 den Entwurf eines Gesetzes zur Änderung des bayerischen Kirchensteuergesetzes in den Landtag eingebracht (Drs. 16/32). Der Bayerische Landtag hat das Gesetz am 17. Dezember 2008 verabschiedet. Das Gesetz tritt am 1. Januar 2009 in Kraft.

Durch die Gesetzesänderung werden zum 1. Januar 2009 die Regelungen des § 51a Abs. 2b - 2c EStG in Landesrecht überführt. Damit können die kirchenumlageerhebenden Religionsgemeinschaften auch nach der Einführung der staatlichen Abgeltungsteuer auf Kapitalerträge auf diese Kirchenumlage erheben. Hierfür wird die Kirchenkapitalertragsteuer eingeführt. Dem Mitglied einer kirchenumlageerhebenden Religionsgemeinschaft steht ein Wahlrecht zwischen Erhebung der Kirchenkapitalertragsteuer im Quellenabzug durch die Kreditinstitute oder einer Versteuerung der Kapitalerträge im Rahmen der Kirchensteuerveranlagung zu. In beiden Fällen kommt bei der Ermittlung der Bemessungsgrundlage für die Kirchenkapitalertragsteuer der in § 32d Abs. 1 Sätze 3 und 4 EStG geregelte ermäßigte Einkommensteuersatz zur Anwendung. Entscheidet sich der Bürger für den Quellenabzug, muss er dies bei dem Kreditinstitut beantragen.