Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) ist Rechtsnachfolgerin der X-GmbH (X). 1986 und 1987 erhöhten die Gesellschafter der X deren Stammkapital von 0,5 Mio. DM auf insgesamt 2 Mio. DM (davon aus Gesellschaftsmitteln um 0,9625 Mio. DM und durch Einzahlung um 0,5375 Mio. DM). Außerdem zahlten Neugesellschafter Aufgelder von insgesamt 5,85 Mio. DM, die nach den dem Beklagten und Beschwerdeführer (Finanzamt --FA--) eingereichten Jahresabschlüssen der X in die Kapitalrücklage eingestellt wurden. Bei der Gliederung des verwendbaren Eigenkapitals (vEK) zum Ende der Jahre 1986 und 1987 berücksichtigten weder die X noch das FA die Einlagen. Daher enthalten die Bescheide vom 26. Februar 1988 bzw. 17. März 1989 über die gesonderte Feststellung von Besteuerungsgrundlagen gemäß § 47 des Körperschaftsteuergesetzes alter Fassung (KStG a.F.) --vEK-Bescheide-- zum 31. Dezember 1986 und zum 31. Dezember 1987 keine Feststellungen über nichtbelastete Teilbeträge aus Einlagen (EK 04). Dieser Fehler wurde in den vEK-Bescheid vom 15. April 1991 übernommen, der nach einer Außenprüfung erging, u.a. die Teilbeträge des vEK zum Schluss der Jahre 1986 und 1987 feststellt und von der X nicht angefochten wurde. Aufgrund des Fehlers weist auch der vEK-Bescheid zum 31. Dezember 1990 vom 29. April 1994 kein EK 04 aus.