Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin), eine GmbH, betreibt ein Autohaus.

Der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt --FA--) versagte in Umsatzsteuer-Änderungsbescheiden für 2001 und 2002 (Streitjahre) der Klägerin den Vorsteuerabzug aus Rechnungen der X-GmbH und der Y-GmbH. Die X-GmbH war bereits vor Gewerbeanmeldung und Rechnungserteilung im Handelsregister gelöscht worden; die von der Y-GmbH bei Geschäftsabschluss mit der Klägerin vorgelegte Steuerbescheinigung sowie eine Kopie des Handelsregisterauszugs waren gefälscht.

Mit der nach erfolglosem Einspruch erhobenen Klage machte die Klägerin im Wesentlichen geltend, sie habe von der Richtigkeit der vorgelegten Unterlagen ausgehen dürfen. Die Art des Leistungsaustausches sei branchenüblich gewesen. Es lägen ordentliche Rechnungen vor. Aufgrund der Umstände habe sie nicht davon ausgehen können, es mit Scheinfirmen zu tun zu haben.