Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) ist eine Grundstücksgesellschaft, die von den Eheleuten A und B als A & B GbR (GbR) gegründet und am 19. Februar 2005 in eine GmbH & Co. KG umgewandelt wurde. Neben dieser GbR gab es im Streitjahr unter der Bezeichnung GbR X eine weitere Gesellschaft bürgerlichen Rechts zwischen A und B.

In ihren Umsatzsteuer-Voranmeldungen für das Streitjahr machte die Klägerin u.a. Vorsteuern geltend, die auf das Bauvorhaben der "GbR X" entfielen. Die Erstattungsbeträge überwies der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt --FA--) entsprechend einer schriftlichen Anweisung der GbR sowie des A auf ein Konto des A bei der N-Bank. Gegen die Nichtberücksichtigung der das Bauvorhaben "GbR X" betreffenden Vorsteuern in einem Schätzbescheid legte die Klägerin erfolglos Einspruch ein.

Das Finanzgericht (FG) wies die Klage ab, da die den Vorsteuerabzug begründenden Bauleistungen nicht für das Unternehmen der Klägerin erbracht worden seien. Der angefochtene Bescheid sei auch nicht deshalb rechtswidrig, weil in seinem Abrechnungsteil an die Klägerin ausgezahlte Vorsteuerüberschüsse abgezogen worden seien. Zum einen sei der Abrechnungsteil nicht Teil der Steuerfestsetzung und berühre daher deren Rechtmäßigkeit nicht, zum anderen sei die Klägerin die Schuldnerin des Rückzahlungsanspruchs.