Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) ist Rechtsnachfolgerin der X-GmbH (X). Diese hatte ihrem alleinigen Gesellschafter und Geschäftsführer F in den Jahren 1990 bis 1993 (Streitjahre) außer einem Festgehalt (1990: 13 x 10 000 DM; 1991 bis 1993: je 13 x 12 500 DM) aufgrund einer schriftlichen Vereinbarung aus dem Jahr 1989 u.a. insgesamt etwa 510 000 DM Überstundenvergütungen gezahlt. Nach einer Außenprüfung vertrat der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt --FA--) die Auffassung, die Überstundenvergütungen seien verdeckte Gewinnausschüttungen (vGA) i.S. des § 8 Abs. 3 Satz 2 des Körperschaftsteuergesetzes (KStG) und andere Ausschüttungen i.S. des § 27 Abs. 3 Satz 2 KStG. Das FA erließ Änderungsbescheide für die Streitjahre, denen diese Rechtsauffassung zugrunde liegt. Die Einsprüche der X wies es durch Einspruchsentscheidungen vom 27. Januar 1997 zurück und begründete dies im Wesentlichen wie folgt:

Die Überstundenvergütungen hielten dem Fremdvergleich nicht stand, da die Zuschläge in der Chemiebranche nur 40% und nicht wie im Streitfall zum Teil mehr als 100% betragen hätten.