Gründe:

I. Die Beteiligten streiten über die steuerliche Behandlung von Überstundenvergütungen, die die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) ihren Gesellschafter-Geschäftsführern gezahlt hat.

Die Klägerin, eine GmbH, betrieb im Streitjahr (2000) ein Unternehmen zur Herausgabe und zum Vertrieb von Druckschriften. An ihrem Stammkapital waren X, Y und Z zu je einem Drittel beteiligt. X und Y waren zugleich Geschäftsführer der Klägerin.

Nach den im Jahr 1993 abgeschlossenen, inhaltlich übereinstimmenden Anstellungsverträgen von X und Y sollten diese zunächst ein monatliches Grundgehalt von 7 000 DM erhalten. In den Verträgen heißt es weiter, dass dieser Vereinbarung ein monatlicher Tätigkeitsumfang von 240 Arbeitsstunden zu Grunde liege; eine darüber hinaus gehende Tätigkeit sei zu vergüten. X und Y sollten Gewinntantiemen sowie gesonderte Vergütungen für Überstunden, Sonntags-, Feiertags-, Nacht- und sonstige Mehrarbeit erhalten. Im weiteren Verlauf war das Grundgehalt erhöht worden.