Gründe:

I. Die Beteiligten streiten über die Rechtmäßigkeit einer Außenprüfungsanordnung.

Die im Baubereich tätige Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin), eine Gesellschaft mit beschränkter Haftung polnischen Rechts (Sp. z o.o.), hat eine deutsche Zweigniederlassung, die im Handelsregister eingetragen ist (W D). Eine Gewerbeanmeldung datiert den Tätigkeitsbeginn auf den 1. Januar 2002. Die seit 1991 in Deutschland ausgeübte Tätigkeit einer W --mit gleicher Geschäftsadresse wie die Klägerin-- wurde zum 30. Dezember 2000 abgemeldet. Der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt --FA--) hat unter der einheitlichen Steuernummer Veranlagungen u.a. der Jahre 1988 bis 2001 erfasst (betreffend W), ebenso Umsatzsteuer-Voranmeldungen des Jahres 2002 (wobei die Voranmeldungen 1-6/2002 unter dem Namen W eingereicht worden waren, jene ab 7/2002 unter dem Namen W D). In 2002 wurde der Antrag gestellt, Körperschaftsteuer-Vorauszahlungen aus 2001 (W) zugunsten der W D (Umsatzsteuer und Lohnsteuer 8/2002) zu verrechnen.

Unter dem 19. September 2003 erging mit Hinweis auf § 193 Abs. 1 der Abgabenordnung (AO 1977) eine Prüfungsanordnung für die W D betreffend Umsatzsteuer, Körperschaftsteuer und Gewerbesteuer 1997 bis 2001.