Gründe:

1. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) --eine GmbH-- betrieb u.a. in den Jahren 1989 bis 1991 (Streitjahre) eine Gaststätte. Ihre Bareinnahmen flossen zum Teil in offene Ladenkassen, im Wesentlichen jedoch in eine elektronische Registrierkasse. Aufgrund der Feststellungen einer Außenprüfung vertrat der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt --FA--) die Auffassung, die Buchführung der Klägerin für die Streitjahre sei nicht ordnungsmäßig und wegen nicht erfasster Betriebseinnahmen seien die Umsätze um geschätzte Beträge zu erhöhen (1989 und 1991 jeweils 60 000 DM, 1990 40 000 DM) und die entsprechenden Beträge zuzüglich der Umsatzsteuer als verdeckte Gewinnausschüttungen (vGA) anzusetzen. Gegen den Körperschaftsteuersammelbescheid für die Streitjahre, dem diese Rechtsauffassung zugrunde liegt, erhob die Klägerin ohne Erfolg Einspruch.