Gründe:

I. Die Beteiligten streiten über die Rechtsfolgen einer Abweichung zwischen dem bilanziellen und dem in der Gliederungsrechnung ausgewiesenen Eigenkapital einer Kapitalgesellschaft.

Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) ist eine GmbH. Im Rahmen ihrer Veranlagung zur Körperschaftsteuer 1994 hatte der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt --FA--) festgestellt, dass die Summe der Teilbeträge des verwendbaren Eigenkapitals (vEK) um 3 803 DM von dem Eigenkapital laut Bilanz abwich. Er hatte die Klägerin auf diesen Umstand hingewiesen und die Vermutung geäußert, die Abweichung hänge möglicherweise damit zusammen, dass Erhöhungen der Körperschaftsteuer für die Vorjahre in der Buchführung der Klägerin nicht erfasst worden waren. Die Klägerin hatte daraufhin mitgeteilt, dass die erforderlichen Anpassungsbuchungen noch nicht vorgenommen worden seien, aber beim Jahresabschluss für das Streitjahr (1995) nachgeholt würden.