Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdegegnerin (Klägerin) ist eine GmbH, deren Mehrheitsgesellschafter im Streitjahr --wie schon in den Vorjahren-- ein Verband war. Ihr Unternehmensgegenstand ist die Erbringung gewerblicher Leistungen für die dem Verband angeschlossenen Organisationen und Betriebe.

In ihrer Buchführung wies die Klägerin zum 31. Dezember 1989 eine Darlehensforderung gegen den Verband in Höhe von ... DM und ein Verrechnungskonto des Verbandes mit einem Forderungsbetrag von ... DM aus. Ob diese Forderungen tatsächlich bestanden, ist zwischen den Beteiligten streitig. In der Buchführung des Verbandes waren keine entsprechenden Verbindlichkeiten verzeichnet.

In ihrem Jahresabschluss zum 31. Dezember 1990 (Streitjahr) buchte die Klägerin den Gesamtbetrag von ... DM erfolgswirksam aus, wofür sie in ihrer Gewinn- und Verlustrechnung "sonstigen betrieblichen Aufwand" auswies. Dagegen nahm der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt --FA--) an, dass die Klägerin auf ihre Forderung verzichtet habe und dass darin eine verdeckte Gewinnausschüttung (vGA) liege. Er stellte deshalb die Ausschüttungsbelastung her, was zu einer Erhöhung der Körperschaftsteuer für das Streitjahr führte.