Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) ist eine GmbH, die sich seit 2004 in Liquidation befindet. Ihre Gesellschafterversammlung hatte im Jahr 1993 beschlossen, Gesellschafterdarlehen in Höhe von insgesamt 120 000 DM in eine Kapitalrücklage umzuwandeln; im Jahr 1994 waren Gesellschafterforderungen in Höhe von weiteren 70 000 DM in Kapitalrücklagen umgewandelt worden. In der Bilanz der Klägerin zum 31. Dezember 1993 und zum 31. Dezember 1994 waren die entsprechenden Beträge jeweils der Kapitalrücklage zugewiesen worden. In Bescheiden zur Feststellung des verwendbaren Eigenkapitals (vEK) der Klägerin auf den 31. Dezember 1993 und den 31. Dezember 1994, die im Anschluss an eine Betriebsprüfung ergingen, wurden die Beträge von 120 000 DM und 70 000 DM jedoch nicht als Zugänge zum vEK i.S. des § 30 Abs. 2 Nr. 4 des Körperschaftsteuergesetzes 1991 -- KStG 1991-- (EK 04) berücksichtigt. Ein auf den 31. Dezember 1994 bezogener Feststellungsbescheid vom 6. Juni 1997, der dem entsprechend kein EK 04 ausweist und ohne Nebenbestimmung erging, wurde bestandskräftig. Einen später gestellten Antrag der Klägerin, den genannten Feststellungsbescheid nach § 129 der Abgabenordnung (AO) zu berichtigen, hat der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt --FA--) bestandskräftig abgelehnt.