Gründe:

I. Die Beteiligten streiten über die Wirksamkeit einer tatsächlichen Verständigung.

Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) ist eine GmbH. Für die Streitjahre 1997 bis 1999 wurde bei der Klägerin eine Betriebsprüfung durchgeführt. Dabei kam der Prüfer zu dem Ergebnis, dass die von einer weiteren Gesellschaft an die Klägerin erbrachten Lieferungen und Leistungen zu überhöhten Preisen verrechnet worden seien und dass die Klägerin ihrerseits Leistungen erbracht habe, ohne dafür fremdübliche Entgelte erhalten zu haben. Dem Prüfungsbericht zufolge verständigte man sich in der Schlussbesprechung auf eine Erhöhung der Ergebnisse der Streitjahre durch Reingewinnzuschätzungen. An der Schlussbesprechung nahmen auf Seiten der Klägerin zwei ihrer Gesellschafter und ihr damaliger Steuerberater teil, auf Seiten der Finanzverwaltung der Sachgebietsleiter der Betriebsprüfung sowie der Prüfer. Einwendungen behielt sich die Klägerin nicht vor. Die Schlussbesprechung fand am 13. Juli 2001 statt. Die Niederschrift wurde vom Vorsteher des Beklagten und Beschwerdegegners (Finanzamt --FA--) am 8. August 2001 unterschrieben. Am 30. Oktober 2001 ergingen entsprechend geänderte Bescheide. Am 9. November 2001 unterzeichnete der Geschäftsführer der Klägerin die Niederschrift.